لمّا دبّ الخلاف بين المطران فيليبّوس الجميّل والرهبان الحلبيّين الذين تسلَّموا دير مار الياس شويا، بعد أن فرغ من بنائه، وبالرّغم من حكم بطاركة الطائفة المارونيّة (يوسف ضرغام الخازن، سمعان عوّاد وطوبيّا الخازن) للمطران المذكور بجواز استرجاع هذا الديّر، متى أراد، وخصوصاً لأنّه هبة، لم يشأ المطران فيليبوس أن يسترجع ديره، لشهامته وعزّة نفسه، بل أخذ بإنشاء ديرٍ آخر، على اسم السيّدة، سنة ١٧٤٤، في أرض أبيه. ثمّ ما لبث أن وقف لهذا الدير نصيبه من إرث أبيه، مضيفاً إليه ما وقفه أخوه وأبوه وعمّه وجدّه فرح الجميّل، وقد اشترى له أملاكاً كثيرة، عدا تلك التي أوصى بها عمّه المطران الياس.
أقام المطران فيليبّوس في هذا الدير إلى جانب راهباتٍ عابدات، يدير شؤونه، حتى وفاته في ١٧ تموز ١٧٧٤، فدُفن في كنيسته. وانتقلت الولاية على الدير، من بعده، إلى أفراد أسرته . أمّا اليوم، فلم يبقَ من الدير سوى بعض الجدران المهدَّمة.
وتجدُرُ الإشارة إلى أنّ المطران فيليبّوس الجميِّل هو غير البطريرك فيليبّوس الجميّل الذي ارتقى إلى السدّة البطريركيّة سنة ١٧٩٥ وتوفي سنة ١٧٩٦.